בשנים בהן כיהן אבגי כסמנכ״ל מסחרי הוא הוביל את החברה לצמיחה משמעותית בנתח השוק ולהעמקת היחסים עם לקוחותיה.
הוא תרם להעלאת המודעות למותג באופן ניכר ומזה תשע שנים נמצאת החברה בין המותגים הגלובליים החזקים בישראל.
בתחילת דרכו ב DHL אקספרס היה איבגי אחראי להקמת סגמנט ייחודי למתן שירות ומכירה למספר מצומצם של לקוחות על מנת להתאים מענה לצרכים המורכבים עבור חברות בינלאומיות. יונתן פיתח ולימד את תחום האיקומרס בחברה, ולקח חלק בתוכניות פיתוח והדרכת מנהלים ועובדים.
יאיר ביטון, המנכ״ל היוצא, מסר: ״אנו גאים בדרך שבה מנהלים ממשיכים לגדול ולצמוח מתוך הארגון. אני בטוח וגאה ביכולתו של יונתן להוביל את החברה לשיאים חדשים וגאה באיכות ההנהלה הבכירה של החברה. אתרגש לראות זאת בהמשך״.
לדברי יונתן אבגי: ״ראשית, אני מאוד נרגש שניתנה לי האפשרות להוביל את משפחת DHL בישראל, אני מבטיח להמשיך בדרך הקיימת ודרכה להשיג הישגים חדשים. יצרנו בארץ משפחה מחויבת עם תשתיות איתנות ואני נרגש מהאחריות לשמור ולהמשיך את השליחות הזאת לחבר את ישראל לעולם יחד עם קבוצה מוכשרת של אנשים״.